Le 29 septembre 2021, le Ministère du Travail a complété le « Q/R » diffusé sur son site de précisions sur l’articulation entre un arrêt de travail pour maladie et la suspension du contrat d’un salarié pour non-respect de l’obligation vaccinale.

Hypothèse 1 : l’arrêt de travail est prescrit au salarié avant la suspension de son contrat par l’employeur.

Le salarié bénéficie des indemnités de sécurité sociale et des compléments de salaire à la charge de l’employeur s’il remplit les conditions pour y prétendre.
Aucune obligation vaccinale ne peut être exigée pendant l’arrêt.
A l’issue, le salarié retrouve sa situation contractuelle [repos, congés, affectation temporaire à un poste non soumis à l’obligation vaccinale] puis son contrat pourra être suspendu s’il ne peut établir le respect de son obligation.

Hypothèse 2 : l’arrêt de travail est prescrit postérieurement à la suspension du contrat.

Le salarié bénéficie des indemnités de sécurité sociale mais l’employeur n’est pas tenu de régler les compléments à sa charge « sous réserve des stipulations prévues dans les conventions collectives ».
Ainsi, un employeur qui relève de la seule obligation légale de maintien de salaire (articles L.1226-1, D.1226-1 à D.1226-8 du Code du Travail) sera automatiquement dispensé du versement des compléments.
En revanche, de nombreuses conventions collectives imposent le versement d’indemnités complémentaires dès lors que l’arrêt de travail est médicalement justifié et/ou qu’il donne lieu au versement des indemnités de sécurité sociale.

En présence de telles stipulations, l’employeur devrait donc s’acquitter des compléments de salaire, sauf à ce que les résultats d’un contrôle effectué à sa demande par un organisme agréé ou émanant de l’Assurance Maladie ne lui permettent d’interrompre ce règlement.

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